癌癥相關蛋白及磷酸化水平大數(shù)據(jù)等你來分析！
一、基因過表達與敲除系統(tǒng)——舍我其誰？
為探索某一基因的生物學功能，我們通常會從功能獲得和功能喪失兩方面入手開展研究，基因過表達與敲除系統(tǒng)作為基因研究的重要手段，應用非常廣泛。維真生物具有高效、穩(wěn)定地基因過表達與敲除系統(tǒng)，可提供全方位、一站式的基因過表達和敲除的質粒構建、病毒包裝、細胞系建立以及相應的篩選檢測服務，滿足客戶多樣化的實驗需求。
以下為兩個基因過表達的免疫印跡結果和基因敲除后的測序結果示例：
基因過表達及敲除效果檢測結果
二、腫瘤研究利器——“神通廣大”的RPPA
反相蛋白微陣列（Reverse Phase Protein Array,RPPA）是一種研究細胞信號通路和繪制蛋白質表達譜的重要方法，不同于傳統(tǒng)的抗體微陣列檢測技術，我們需要先將組織或細胞裂解液以高密度微陣列的形式打印到固相基底上，然后再用特異性抗體檢測樣本中的蛋白，從而批量地獲取到幾百種蛋白的定量數(shù)據(jù)。簡單來說，我們可以把RPPA技術看成是一種定量高通量ELISA/斑點印跡法。
現(xiàn)在RPPA平臺包含了300余個蛋白質的標記物，涵蓋所有主要的癌癥和藥物靶點相關的細胞信號通路，專為細胞信號轉導、系統(tǒng)生物學和腫瘤免疫研究者量身定制。當前，無論是在研究腫瘤的起始與進展，還是評估生物標志物和藥物機制等方面，RPPA技術都能發(fā)揮非常重要的作用。
RPPA系統(tǒng)蛋白組學靶點示例圖
RPPA技術具有其它高通量蛋白組學所不具備的定量能力、超高靈敏度、大樣本分析能力等，已經(jīng)得到全球研究工作者的高度認可。利用RPPA這一平臺我們能夠同時分析成百上千種細胞或者組織樣本（樣本需求量極低），并且能對多達幾百種的低豐度蛋白, 包括多種細胞信號蛋白、免疫通路蛋白、修飾后蛋白（如磷酸化、甲基化、乙酰基化）進行平行蛋白組學差異表達比對分析。
當前，RPPA技術主要應用在癌癥研究領域，在癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas,TCGA）項目中我們就廣泛使用了RPPA技術來進行腫瘤蛋白質組的研究，目前已經(jīng)獲得了超過7600例腫瘤組織樣本中的功能性蛋白組學數(shù)據(jù)。
RPPA平臺的優(yōu)勢
三、RPPA在HEK293細胞上“大顯身手”
首先，維真生物將134個癌相關基因分別在HEK293細胞中進行過表達，分別提取細胞裂解液，通過對這134個過表達的細胞樣本進行RPPA蛋白質組分析研究我們發(fā)現(xiàn)，當某一癌基因過表達后，其他癌基因的表達也會發(fā)生改變，而且呈現(xiàn)差異化的表達。
134個OE靶點與相對應134個RPPA蛋白表達排序矩陣
對差異表達基因進行信號通路歸類分析
此外，維真生物構建了大量癌基因的HEK293敲除細胞系，同時進行了RPPA蛋白組學分析，如圖所示，我們隨機抽取了A-G這7個癌基因的RPPA結果進行分析，其中樣本數(shù)據(jù)按行聚類，即按細胞系樣本聚類；樣本數(shù)據(jù)按列聚類，即按抗體聚類，我們發(fā)現(xiàn)在細胞系中敲除某一蛋白的表達后，相較于對照組，其余六種蛋白的表達水平可出現(xiàn)明顯的上調/下調，且每種蛋白所受影響和影響程度有所不同。這提示，這幾種癌基因可能存在某些相互作用，處于同一個信號通路或者相關的信號轉導途徑中。
7個KO靶點與對應RPPA蛋白表達排序矩陣
接著，我們從中選取了兩個基因的過表達和敲除細胞樣本并對其RPPA的結果進行了詳細分析，通過分析樣本中其他癌基因的表達情況，我們發(fā)現(xiàn)過表達或敲除某一癌基因能對某些靶點可以帶來完全相反的影響，操縱單個癌基因的表達，可能對其他癌基因的表達和活性產(chǎn)生重要影響。說明，通過借助這些RPPA的大數(shù)據(jù)能更有利于我們快速找到和評估生物標志物，同時更好地研究藥物機制。
過表達或敲除A基因對某些靶點完全相反的影響
過表達或敲除E基因對某些靶點完全相反的影響
四、這些好物，助您解密蛋白質組學！
在進行RPPA蛋白質組學分析，獲取大數(shù)據(jù)之前，您需要提供待研究的細胞或組織樣本，樣本可自己提供（具體要求可與我公司技術人員溝通）也可以選擇由維真生物為您準備。
我們可以為您提供的產(chǎn)品和服務有：
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克隆產(chǎn)品:
癌基因過表達和敲除的質粒構建；
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病毒產(chǎn)品:
癌基因過表達和敲除的病毒包裝服務；
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細胞產(chǎn)品:
癌基因穩(wěn)轉細胞株和癌基因敲除細胞株的構建；
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細胞裂解液:
過表達細胞裂解液或者敲除細胞的裂解液；
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RPPA蛋白組學檢測服務
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基因過表達和敲除的RPPA大數(shù)據(jù)
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反相蛋白微陣列RPPA技術是研究蛋白信號轉導、系統(tǒng)藥理學以及臨床實體瘤樣本的理想解決方案?；赗PPA的蛋白質組學和相關大數(shù)據(jù)研究已經(jīng)走上科研與臨床的舞臺，隨著這項技術的推廣，越來越多蛋白質的神秘面紗將被更快速地揭露，越來越多的腫瘤靶點將被發(fā)現(xiàn)，從而大大加快科學研究向臨床的轉化。
維真生物與非因生物強強聯(lián)合，為您提供全面、專業(yè)的產(chǎn)品和服務，推動基礎醫(yī)學、轉化醫(yī)學、臨床醫(yī)學及藥物靶點的研發(fā)，助力癌癥的精準醫(yī)療！
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